L'église Saint-Germain d'Auxerre, datée du XIIIème siècle, est coiffée d'un curieux clocher en tuf du XVème qui domine le village. Cette église se situait autrefois dans l'enceinte du château fort (détruit sous l'ordre de Louis XI en 1478). L'édifice a subi depuis sa première construction, de nombreux remaniements. Le dernier date de 1865 pour permettre de recevoir 800 fidèles.
Le clocher, inscrit à l'inventaire supplémentaire des monuments historiques le 7 décembre 1925, abrite 3 cloches.
La chapelle St Claude (côté nord), fondée en 1410 contient une dalle funéraire à effigies gravées de la famille Lemaire (bas-relief) et une pierre polychrome (XVIe s.) : le baptême du Christ/Saint Joseph.
Une autre chapelle de l'église fait partie de l'histoire de Bligny : celle de St Sébastien (côté sud), puisqu'elle abrite la bannière de la Confrérie de Saint Sébastien dont la constitution remonte au XIIIème siècle. Confrérie religieuse, elle s'est toujours consacrée à l'entraide fraternelle et à la charité. La confrérie célèbre son saint patron le 20 janvier de chaque année.