Cette chapelle est le dernier vestige d'un prieuré datant, pour sa crypte, du IXe siècle et, pour la chapelle proprement dite, d'une reconstruction du XIIe siècle. Ce prieuré servait de relais sur l'itinéraire monastique reliant les abbayes Saint-Bénigne de Dijon, Saint-Marcel de Chalon et Saint-Maurice d'Agaune en Valais.
La chapelle fait l’objet d’un classement aux monuments historiques depuis le 30 avril 1930.
Le cimetière qui entoure la chapelle est mentionné dans le cadastre de 1839 et a été agrandi en 1866. Il comporte quelques tombes originales, telles celles d'un ecclésiastique, d'un artilleur ou d'un franc-maçon, décorées des attributs de la fonction du défunt.
En hiver, prendre les clés à la Mairie de Jougne.