Affluent de la Saône, qu'elle rejoint dans le département voisin de la Saône et Loire, la Seille prend sa source au coeur des reculées, à Ladoye sur Seille, proche de Baume les Messieurs. On retrouvait à Ladoye (qui ne compte aujourd'hui qu'une quinzaine d'habitants !) plusieurs moulins actionnés par la force hydraulique pour aider à la production des céréales, huiles, tournerie, scierie et électricité domestique...
Le phénomène d'érosion qui a donné lieu aux reculées est indissociable des sources et rivières, il est normal que la Seille y naisse. Elle suit alors son cours en arrosant le vignoble jurassien : Nevy sur Seille, Voiteur, Arlay, puis continue sur la plaine bressane de Bletterans, avant de se jeter dans la Saône à la Truchère.
Rivière piscicole, la Seille est une rivière de prédilection pour les pêcheurs, qui y trouvent truites, carpes, sandres...