Le GR59 relie le GR5 au GR9, les Vosges au Jura. Il constitue un trait d'union entre les deux massifs. Il débute au sommet du Ballon d'Alsace (1247m) et entre en Haute-Saône sur un chemin rocailleux qui s'étire entre le Col du Stalon et le col du Luthier. Il est rejoint par les GR7 et GR533 sur le flanc Est du Ballon de Servance. Il pénètre ensuite dans la Réserve Naturelle des Ballons Comtois. Il surplombe ensuite la forêt de Saint-Antoine et remonte sur le sommet du Ballon de Belfahy. Après avoir traversé le village éponyme, plus haut bourg de Haute-Saône (840m), l'itinéraire descend sur la vallée de Fresse et remonte par la ligne de crête du Mont de Vanne. Il dépasse le Roc du Plainet (points de vue sur la trouée de Belfort et la Suisse), plonge sur Ronchamp en passant par la Chapelle Notre-Dame du Haut, célèbre oeuvre de Le Corbusier. Après une descente ardue jusqu'à Belverne, l'itinéraire se poursuit en direction de Saulnot. Après l'ascension de la Motte de Grammont, l'itinéraire continue en direction de Baume-les-Dames. Plusieurs points de ravitaillement et d'hébergements sont possibles lors de la traversée de la Haute-Saône.