C'est en 986 que le Comté de Bourgogne, également nommé Franche-Comté de Bourgogne, est fondé par le comte Otte-Guillaume de Bourgogne. Au cours du XIIIe siècle, suite à un conflit l'ayant opposé à deux autres seigneurs, Othon II ordonne la construction d'un château fort à Montrond, qui servira notamment à protéger l'une des villes majeures de la région : Poligny.
En 1479, Charles le Téméraire, dernier duc Valois de Bourgogne, est tué lors de la bataille de Nancy. La forteresse est alors démantelée par les troupes du rois Louis XI, tandis que la châtellenie tombe dans l'escarcelle du prince d'Orange, allié du souverain. Durant les XVIIIe et XIXe siècles, les habitants sont autorisés à prendre les pierres de l'édifice. Le site tombe progressivement dans l'oubli, désormais veillé par la seule tour d'Otton... dont une partie s'effondre en 1981.
Classé aux Monuments Historiques depuis mai 1986, le site fait à présent l'objet de tous les soins de l'association La Tour d'Otton, qui s'attache à organiser des campagnes de restauration et à faire découvrir au plus grand nombre ce patrimoine médiéval exceptionnel.